W takich przypadkach bardzo istotne jest odróżnienie czy pacjent cierpi na nadwrażliwość jelit, nazywaną Syndromem Jelita Drażliwego (IBS), czy też na dużo poważniejsze w potencjalnych skutkach i wymagające intensywnego leczenia przeciwzapalnego Nieswoiste Zapalenie Jelit (IBD)- wrzodziejące zapalenie jelita grubego czy chorobę Crohna.
Dotychczas brak było sposobu nieinwazyjnej i jednoznacznej metody rozróżniania pomiędzy obydwoma schorzeniami. Postęp w dziedzinie diagnostyki medycznej spowodował jednak, że dostępne są obecnie testy umożliwiające szybką i jednoznaczną diagnozę.
W wyniku intensywnych badań, w ostatnim czasie zidentyfikowano szereg białek, których podniesiony poziom w kale świadczy o występowaniu lub zaostrzeniu stanu zapalnego jelit. Wśród nich kalprotektyna jest najlepiej scharakteryzowanym i najczęściej badanym markerem molekularnym wśród pacjentów, u których podejrzewa się NZJ. Podniesiony poziom kalprotektyny z prawie 95% dokładnością identyfikuje pacjentów, którzy cierpią na NZJ i w ten sposób, wraz z badaniem kolonoskopowym, stanowi podstawę jednoznacznej diagnozy
Kalprotektyna jest markerem w monitorowaniu Nieswoistego Zapalenia Jelit. Regularne badanie poziomu kalprotektyny w próbkach kału jest bardzo pewnym i szybkim sposobem monitorowania stanu zapalenia i wygojenia śluzówki jelit. Z drugiej strony, wzrost stężenia kalprotektyny świadczy o nadchodzącym lub przebiegającym zaostrzeniu choroby. W tym przypadku wzrost stężenia markera nierzadko poprzedza lub pokrywa się w początkiem wystąpienie objawów i dzięki temu szybka ocena poziomu kalprotektyny pozwala na podjęcie prawidłowych decyzji dotyczących włączenia odpowiedniego leczenia.